En gång gav han ett öre, alla pengar han hade, till en vän som fångat en fågel, bara för att släppa fågelen fri. Han spelade flöjt, som Lucia och hans syster Jacinta sjöng och dansade till. Kort sagt var han en snäll, mild pojke, ännu inte en helig, men en som var predisponerad av Gud för de nåder som snart skulle ges till honom.

Till skillnad från Lucia och Jacinta hörde Francisco aldrig Jungfru Maria´s ord, även om han såg henne och kände hennes närvaro. Efter den första uppenbarelsen berättade Lucia om vad Vår fru av Fátima hadde för budskap till honom, att han snart skulle förenas med henne i himlen om han bad många Rosenkransar. I den andra uppenbarelsen bad Lucia om att få komma till himlen, och Vår fru av Fátima svarade att Francisco och Jacinta skulle snart få komma till himelen, men Lucia skulle få vänta på en tid. Hon dog 13 februari 2005 vid 97 års ålder.

I den tredje uppenbarelsen fick barnen en hemlighet, inklusive en vision av helvetet, vilket förändrade dem så att de blev mer som vuxna än som barn.

Vid den här tiden utarbetade borgmästaren Artur de Oliveira Santos, en frimurare, ett system för att diskreditera uppenbarelserna genom att terrorisera barnen. Han försökte tvinga dem att erkänna att de ljög, hotade att koka dem i olja om de inte avsljöjade Vår fru av Fátimas hemligheter för honom och lät fängsla dem för att hålla dem från deras möte med Vår fru på Dagen för den fjärde uppenbarelsen (13 augusti).

För femte uppenbarelsen deltog tiotusentals mäniskor, efter att ha blivit upplysta av pressen. Bland de nyfiken var en seminarieprofessor från Santarem, Dr. Manuel Formigao, som förhörde barnen efteråt och blev övertygad om deras värdighet.

När allmänheten fick reda på att ett mirakel som utlovats vid nästa uppenbarelse så anslöt fler och fler till platsen för uppenbarelsen den 13 oktober, det hade samlats runt 70 tusen människor för att bevittna solundret.

Efter att uppenbarelserna avslutats, var Francisco inskriven i skolan men skolkade så ofta som möjligt. Han föredrog att tillbringa tiden att be framför Tabernaklet.  När han fick frågade vad han ville bli när han växte upp svarade Francisco: ” Jag vill inte vara någonting. Jag vill dö och komma till himlen. ”

I augusti 1918, när världskriget nådde sitt slut, insjuknade Francisco och Jacinta i influensa. De hade korta förbättringar av sitt sjukdomstillstånd, men deras slut var oundviklig. I april det följande året var Francisco, medveten om att hans tid var kort, bad han att få ta emot den Heliga Kommunen. Nästa morgon, den 4 april klockan klockan tio, dog han. Han blev begravd nästa dag på en liten kyrkogård i Fatima, brevid dopkyrkan, och senare överfördes hans kvarlevor till Basilikan vid Cova da Iria.